In de praktijk worden diverse DCF-varianten gebruikt om de bedrijfswaarde te berekenen. De te selecteren DCF-variant wordt bepaald door de specifieke omstandigheden, verwachtingen en uitgangspunten van de casus.
Weighted Average Cost of Capital (WACC) methode
Deze methode maakt vrije geldstromen contant tegen een WACC als vermogenskostenvoet. De WACC methode wordt gebruikt wanneer de onderneming een optimale vermogensverhouding tussen eigen en rentedragend vreemd vermogen nastreeft (fixed debt ratio financing policy). Het waarde-effect dat optreedt door financiering met rentedragend vreemd vermogen is opgenomen in de WACC (disconteringsvoet). De uitkomst van een WACC methode is de ondernemingswaarde (enterprise value).
Adjusted Present Value (APV) methode
Anders dan de WACC-methode, gaat deze methode niet uit van een voortdurende rebalancing tussen eigen en rentedragend vreemd vermogen. De APV-methode veronderstelt een vermogensstructuur welke met name wordt beïnvloedt door de aard en omvang van de activiteiten (zekerheden), de daarbij passende financiering en aflossingsverplichtingen alsmede het toekomstige dividendbeleid (fixed debt financing policy). Het waarde-effect dat optreedt als gevolg van fiscaal aftrekbare rentelasten op rentedragende schulden wordt separaat berekend middels de Taxshield Value Debt. Deze Taxshield Value Debt wordt toegevoegd aan de All Equity Value: de waarde van de onderneming wanneer volledig met eigen vermogen zou zijn gefinancierd (unlevered). De uitkomst van een APV methode is de ondernemingswaarde (enterprise value).
Cash Flow to Equity (CFE) methode
Deze methode berekent de waarde van het eigen vermogen rechtsreeks. De geldstromen die toekomen aan de aandeelhouders (dividend) worden daarbij contant gemaakt tegen de kostenvoet eigen vermogen.
Ondernemingswaarde en aandelenwaarde
Afhankelijk van de gehanteerde DCF-variant is de uitkomst gelijk aan de ondernemingswaarde (bij WACC en APV) of de aandelenwaarde (bij CFE). Om van ondernemingswaarde (enterprise value) naar aandelenwaarde (equity value) te komen, moet worden gecorrigeerd voor niet-operationele activiteiten en de netto schuldpositie (rentedragende schulden gecorrigeerd voor overtollige liquiditeiten). Het verschil tussen de berekende aandelenwaarde van het eigen vermogen en de boekwaarde van het zichtbaar eigen vermogen wordt veelal goodwill genoemd.